Das Zooplankton spielt in allen Ozeanen eine entscheidende Rolle für den Transport von Material von den Primärproduzenten (Phytoplankton) zu den höheren trophischen Ebenen (z.B. Fische). Es setzt sich aus verschiedenen Tiergruppen wie Pfeilwürmern, Nacktschnecken, Salpen, Quallen, und Fischlarven zusammen. Den größten Anteil haben kleine Ruderfußkrebse. Tiere des Zooplankton schweben oder treiben im freien Wasser und sind nicht in der Lage sich aktiv gegen Strömungen fortzubewegen. Sie sind Nahrung für die meisten größeren Meerestiere bis hin zu Walhaien und Bartenwalen.
Im Benguelastrom kommt es aufgrund des Auftriebs von nährstoffreichem Wasser und einer damit verbunden hohen Phytoplanktonproduktion zu hohen Zooplanktonbeständen, die die Grundlage für den großen Fischreichtum dieses Gebietes bilden.
Um das Zooplankton zu untersuchen, wird es mit speziellen Netzen gefangen. So ermöglicht das eingesetzte MOCNESS z.B. den Fang der Tiere in verschiedenen Wassertiefen. Es hat 18 Netze, die von Bord aus in bestimmten Wasserschichten geöffnet bzw. geschlossen werden können. Sollen die Tiere für Experimente lebend gefangen werden, verwendet man kleinere Netze, die die Tiere schonender fangen.

Im Projekt GENUS wird die horizontale und vertikale Verteilung des Zooplanktons, die Stellung der verschiedenen Organismengruppen im Nahrungsnetz und ihr Beitrag zum Kohlenstoffkreislauf untersucht. Die gewonnenen Erkenntnisse ermöglichen das Verständnis der Rolle bestimmter Tiergruppen, sogenannter Schlüsselorganismen, im Ökosystem und in den Stoffkreisläufen des namibischen Auftriebsgebietes. Außerdem wird abgeschätzt, wie viel Biomasse mit Strömungen in den offenen Ozean verdriftet wird.

Herabsinkendes abgestorbenes Phyto- und Zooplanktonmaterial trägt zur Ernährung der Organismen im tiefen Wasser und am Boden bei. Die Bodenlebewelt wurde mit Hilfe eines ferngesteuerten Unterwasserfahrzeugs (ROV) mit Kameras erfasst.